Index

B

bgef2cgem() (gef_to_gem_cy.GefToGem method) bgef2gem() (gef_to_gem_cy.GefToGem method) bgef_creater_cy module bgef_reader_cy module

bgef_writer_cy module BgefCreater (class in bgef_creater_cy) BgefR (class in bgef_reader_cy)

C

cell_mask_annotation module cgef2gem() (gef_to_gem_cy.GefToGem method) cgef_adjust_cy module cgef_reader_cy module cgef_stat() (in module plot)

cgef_writer_cy module CgefAdjust (class in cgef_adjust_cy) CgefR (class in cgef_reader_cy) cgem_to_cgef() (in module cgef_writer_cy) create_bgef() (bgef_creater_cy.BgefCreater method) create_Region_Bgef() (cgef_adjust_cy.CgefAdjust method) create_Region_Cgef() (cgef_adjust_cy.CgefAdjust method)

G

gef_is_cell_bin() (in module util) gef_to_gem_cy module GefToGem (class in gef_to_gem_cy) gem2tif() (in module bgef_writer_cy) generate_bgef() (in module bgef_writer_cy) generate_cgef() (in module cgef_writer_cy) get_cell_data() (cgef_adjust_cy.CgefAdjust method) get_cell_names() (bgef_reader_cy.BgefR method) (cgef_reader_cy.CgefR method) get_cell_num() (bgef_reader_cy.BgefR method) (cgef_reader_cy.CgefR method) get_cellborders() (cgef_reader_cy.CgefR method) get_cellid_and_count() (cgef_reader_cy.CgefR method) get_cells() (cgef_reader_cy.CgefR method) get_exp_attr() (bgef_reader_cy.BgefR method) get_exp_data() (bgef_reader_cy.BgefR method)

get_expression() (bgef_reader_cy.BgefR method) get_expression_num() (bgef_reader_cy.BgefR method) (cgef_reader_cy.CgefR method) get_filtered_data() (bgef_reader_cy.BgefR method) (cgef_reader_cy.CgefR method) get_gene_data() (bgef_reader_cy.BgefR method) get_gene_names() (bgef_reader_cy.BgefR method) (cgef_reader_cy.CgefR method) get_gene_num() (bgef_reader_cy.BgefR method) (cgef_reader_cy.CgefR method) get_genedata_in_region() (bgef_reader_cy.BgefR method) get_geneid_and_count() (cgef_reader_cy.CgefR method) get_genes() (cgef_reader_cy.CgefR method) get_offset() (bgef_reader_cy.BgefR method) get_regiondata_frombgef() (cgef_adjust_cy.CgefAdjust method) get_regiondata_fromcgef() (cgef_adjust_cy.CgefAdjust method) get_stereo_data() (bgef_creater_cy.BgefCreater method)

M

MaskSegmentation (class in cell_mask_annotation) module bgef_creater_cy bgef_reader_cy bgef_writer_cy cell_mask_annotation cgef_adjust_cy cgef_reader_cy cgef_writer_cy gef_to_gem_cy plot util

P

plot module

R

run_cellMask() (cell_mask_annotation.MaskSegmentation method)

S

save_exp_heat_map() (in module plot)

U

util module

W

write_cgef_adjustdata() (cgef_adjust_cy.CgefAdjust method)